主角身世成迷，从小被左慈收养。左慈是汉末云游仙人，他提示主角去寻找传国玉玺，传国玉玺在东汉末之乱里被摔碎成了七块，散落于大地，被乱世英雄的将魂附体。传言消灭这些乱世枭雄，找到这七块玉玺碎片，可结束乱世，天下大治。

　　主角下山后，在抗击黄巾军的天门关前线，认识了女扮男装的孙尚香，她是将门孙坚之后，为了逃婚偷偷跑出来玩，和主角一起同行，路上遇到赵云，赵云是个热血少年，也有志于寻找明主开创新时代。结束黄巾之乱后，召开了天下英雄联盟，共同讨伐董卓。董卓覆亡后，曹操作为一方之霸，势力开始做大，主角慢慢开始认为曹操是乱世奸臣，挟持天子想自己掌控天下，黄巾之乱后曹操和主角的矛盾成为主要敌我矛盾。

　　孙策是孙尚香的哥哥，寻找偷偷跑出来的孙尚香，看见主角和孙尚香结伴同行，发生了误会，孙尚香解释了误会，孙策和主角不打不相识，成为好友。孙尚香不愿和孙策回去，就继续跟主角游历。虎牢关战吕布久攻不下，得到了一个病娇少年点拨主角吕布的弱点，果然顺利攻下。他叫郭嘉。郭嘉加入小伙伴套餐一路同行。

　　孙策趁曹操和袁绍争夺中原之际，想把献帝接走，不料消息走漏，剑阁派来高手暗杀孙策，剑阁是个神秘组织，但不知幕后主使是谁，只是门下人都以梅花令为信物。各种证据都指向曹操，主角一行人想揭穿曹操的阴谋。左慈给他们出谋划策。主角调查剑阁的过程中发现了一个神出鬼没的白发男子，还给了主角一些提示，令人摸不着头脑。其实剑阁真正的幕后黑手正是司马懿。但司马懿嫁祸给曹操，让主角们误认为是曹操所为。

　　孙策年纪轻轻就死于刺客之手，孙尚香很伤心，不顾主角劝阻，独自调查神秘组织剑阁，误会刺杀孙策是曹操所为。主角帮助她找曹操寻仇，但大家疑惑为何曹操会知道孙策这么秘密的计划，主角隐隐觉得不安。

　　在新野主角抵抗不住曹操军队的进攻，此时发现原来郭嘉一直是曹操派来监视主角一行的间谍，郭嘉说为了主公的霸业自己可以做一切事，主角才恍然大悟孙策的计划泄露被暗杀一定也是中了郭嘉的反间计，这一切都是郭嘉的阴谋。郭嘉说既然你们已经知道了，也是我回到主公身边效忠的时候了。

　　然后主角发现收集的玉玺碎片也不见了，被郭嘉一并带走献给曹操，主角感到被背叛，很伤心，发誓要报复。

　　在新野主角和曹操军大战，中了曹操的埋伏，眼看就要不敌，郭嘉帮主角挡了一刀，主角大为震惊，郭嘉说大家一起同行的日子很开心，但是结束乱世必须要有一个枭雄，可能你不理解，但我必须这么做，我有我的苦衷，云云。

　　曹操损失心腹智囊郭嘉，深恨主角，郭嘉虽然去世，但主角和曹操的仇恨却不能解开。

　　为了联合刘备对抗曹操，孙策弟弟孙权决定把小妹妹孙尚香嫁给刘备，两家联姻，联蜀抗曹，孙尚香不愿意，主角帮助她对抗捉她结婚的吴军和蜀军。

　　张角死后，于吉通灵，和阴曹地府的张角阴魂勾结在一起，妄图控制曹操精神，重新召唤出已经战死的将魂，比如吕布，孙策等，夺取大权，想粉碎他们的阴谋就要通过于吉布下的五芒星阵，五芒星阵连接阴阳鬼蜮，于吉召唤出郭嘉和孙策魂魄，主角进入幻象，不忍心向故友之魂下手，最终识破这是幻象，闯过八门生死阵，救出曹操。赤壁之战后，天下三分，主角意识到天下不可无曹操，不然国无一日安宁，主角犹豫要不要将玉玺碎片交给曹操，陷入了矛盾之中。

　　主角觉得曹操身边的白发谋士(司马懿)很眼熟，但一时想不起来是谁，觉得和剑阁遇见的白发男子很像。

　　但其实司马懿和水镜先生下了一盘大棋，他们同为司马一族，早有取代汉室代之的野心，但不公然篡汉，只把国贼的黑锅让曹操去背，推出曹操吸引主角等天下人的注意力，自己躲在背后谋划，是真正的幕后大BOSS。原来曹操也被他们玩弄于股掌之中。剑阁，暗哨所的幕后主人正是司马懿。刺杀庞统，孙策也是水镜先生的阴谋，四大弟子都是水镜先生用来牵制各方势力的棋子，他们真正所图正是天下江山。并且秘密和于吉勾结在一起，召唤地府的张角阴魂，开启八门生死阵和阴阳鬼蜮，驱使阴兵，于吉召唤出庞统和孙策魂魄，主角进入幻象，不忍心向庞统之魂下手，最终识破这是幻象，闯过八门生死阵。此时来到了赤壁之战，天下三分，主角才明白从董卓吕布殒命，到曹操成为天下之敌，孙策和庞统之死，都是司马懿和水镜的阴谋，左慈也和水镜展开鬼谷子斗法，同门决裂。