除普通战役外，《红警风暴》中还有难度更高、乐趣更大、奖励更好的精英战役。

　　当普通战役通关前两章后，即可开启精英战役，但如果想体验更多精英战役，就需要通关更多的普通关卡;精英战役与普通战役的评价方式相同，每关最高三星评价，每章全部三星后，会获得黄金图纸碎片、训练书、钻石以及游戏币的奖励。

　　除满星通关奖励外，每关的胜利奖励也比普通战役有所提高，每个精英战役每日可通关3次，每次消耗12点行动力。

　　由于精英战役可以获得各种珍奇异宝，所以每日进入的次数也是有限制的，每日次数使用完毕后，可以使用钻石重置。