秘宝是《元尊传》的特色系统，玩家需要搜集散落在世界各地的秘宝碎片来拼凑出完整的秘宝。秘宝能够为玩家带来属性的加成。

　　每个地图都拥有自己独特的秘宝，玩家通过前往指定的地点击杀怪物后获得秘宝碎片，然后前往秘宝界面进行提交。

　　地图的等级越高，秘宝所带来的属性加成也越多。